Caracterización molecular de Mycobacterium tuberculosis causante de enfermedad activa en pueblos indígenas de Colombia

Resumen

Título: Caracterización molecular de Mycobacterium tuberculosis causante de enfermedad activa en pueblos indígenas de Colombia. Objetivo: Caracterizar molecularmente los aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis causantes de tuberculosis activa, circulantes en indígenas de Colombia entre los años 2009 y 2014. Metodología: Estudio descriptivo, restrospectivo en el que se caracterizaron molecularmente por Spoligotyping y MIRU-VNTR 24 loci 234 aislamientos de M. tuberculosis provenientes de 229 pacientes indígenas. Los aislamientos hacían parte de la colección biológica del grupo de Micobacterias del INS, obtenidos a través de vigilancia rutinaria durante el periodo 2009-2014. Variables sociodemográficas de la población, así como los patrones de sensibilidad a fármacos de primera línea fueron tenidos en cuenta para determinar posibles asociaciones significativas con los sublinajes genéticos descritos. Resultados: Se identificaron 41 pueblos indígenas, el pueblo Wayúu tuvo mayor número de casos de TB (13,10%). Se presentaron 12 casos de MDR en el periodo de estudio. Mediante la metodología de Spoligotyping, se identificaron 102 genotipos (47,06% descritos en la base de datos SpolDB4 y 52,94% genotipos huérfanos), los cuales se organizaron en 30 agrupamientos (HGDI 0,9635). Por otro lado con la metodología MIRU VNTR, se identificaron 230 genotipos de los cuales 226 fueron patrones únicos y 4 estaban agrupados (HGDI 0,99985). Al combinar Spoligotyping y MIRU-VNTR de 24 loci se encontraron 231 genotipos los cuales comprenden 228 patrones únicos y 3 agrupamientos (HGDI 0,99988). Conclusiones: Este es el primer estudio nacional que caracteriza un gran número de aislamientos de población indígena colombiana y el primer aproximación a los genotipos circulantes de M. tuberculosis. La presencia de un caso de transmisión de tuberculosis fue confirmado a través de dos metodologías de genotipificación en la población indígena de estudiada. Un caso de infección mixta fue confirmado y cuatro más sospechosos

Resumen

Abstract: Title: Molecular characterization of Mycobacterium tuberculosis that causes active disease in indigenous people of Colombia. Objective: To characterize molecularly clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis that cause active tuberculosis, circulating in indigenous people of Colombia between the years 2009 and 2014. Methodology: This is a descriptive, retrospective study in which 234 M. tuberculosis isolates from 229 patients were characterized molecularly by Spoligotyping and 24 loci MIRU-VNTR. These isolates were part of a biologic collection of the Mycobacteria research group at the National Health Institute of Colombia (INS), obtained through routine surveillance during the period of 2009-2014. Socio-demographic variables of the population as well as first-line drugs sensibility patterns were taken into account to determine significant possible associations with the described genetic families. Results: 41 groups of indigenous people were identified. The Wayúu people had the greatest number of cases of tuberculosis (TB) (13.10%). Besides, 12 cases of MDR were found in the period of this study. Using Spoligotyping, 102 genotypes were identified (47.06% described in the database SpolDB4 and 52.94% orphan genotypes), which were organized in 30 groups ( HGDI 0.9635). On the other hand, with the MIRU-VNTR methodology 230 genotypes were identified out of which 226 were unique patterns and 4 were grouped (HGDI 0.99985). After combining Spoligotyping and 24 loci MIRU-VNTR, 231 genotypes were found and these comprise in 228 unique patterns and 3 groups (HGDI 0.99988). Conclusions: This study is the first national study to characterize a large number of isolates from the Colombian indigenous populations and is the first approach to genotype circulating M. tuberculosis. The presence of one tuberculosis transmission cases were confirmed through the two genotyping methodologies in indigenous people studied. One case of mixed infection was confirmed and four more suspected.